1965 begrüßte man bei Marvel Roy Thomas, der zu einem der wichtigsten Autoren des Verlags werden sollte. Lee hatte bis dahin so gut wie alles geschrieben, was bei Marvel erschien, aber die Arbeitsbelastung wurde einfach zuviel. Da kam Thomas gerade richtig. Der junge Mann, der mit Comics aufgewachsen und nach New York gezogen war, als man ihm bei DC einen Job angeboten hatte, gab diesen nach zwei Wochen schon wieder auf, um künftig für Marvel arbeiten zu können. Während er kurzzeitig noch eher unwichtige Titel betreute, erhielt er schließlich auch große Serien wie „The Avengers“.
Kurz nachdem Thomas bei Marvel angekommen war, verließ Steve Ditko „The Amazing Spider-Man“. Seit einiger Zeit gab es Dispute zwischen Lee und Ditko, die ihren Höhepunkt fanden, als es darum ging, den Green Goblin zu demaskieren. Während Lee einen bekannten Charakter benutzen wollte, um so einen Schockeffekt zu erzielen, bestand Ditko darauf, unter der Maske des Schurken einen Unbekannten stecken zu lassen. Da sich hier keine Einigung finden ließ, brach Ditko seine Arbeit für den Netzschwinger ab. An seine Stelle trat John Romita, der „The Amazing Spider-Man“ zu neuen Höhen führen sollte. Nach Romitas Übernahme stiegen die Verkaufszahlen kontinuierlich weiter, was schließlich dazu führte, dass sie sogar die von „The Fantastic Four“ übertrafen und die Abenteuer des Netzschwingers zur beliebtesten Marvel-Serie wurden.
Gene Colan, der in den 50er Jahren, als die Comic-Industrie am Boden lag, in der Werbung gearbeitet hatte, kehrte Mitte der 60er Jahre zu den Comics zurück und schuf bei Marvel „Daredevil“-Abenteuer, die ihrer visuellen Brillanz wegen noch heute sehr geschätzt sind. Bei den Rächern hatte Thomas Lee abgelöst und verwirklichte zusammen mit John Buscema herausragende Abenteuer. Eine der Stärken der Serie war dabei von jeher, dass immer wieder verschiedene Helden im Team waren, sodass eine kontinuierliche Entwicklung bemerkbar war.
1968 saß Marvel so fest im Sattel, dass der Großhandelsvertrag, der nur acht verschiedene Titel zuließ, aufgelöst wurde. Als Ergebnis bekamen alle Helden, die sich bisher ein Heft teilen mussten, eine eigene Serie. Somit gesellten sich zu den bereits laufenden Serien noch „Captain America“, „The Incredible Hulk“, „Iron Man“, „Nick Fury, Agent of S.H.I.E.L.D.“, „Dr. Strange“ und „The Submariner“ hinzu.
Gegen Ende des Jahres sah es jedoch schon nicht mehr so rosig aus. Die Goldgräberzeiten gingen dem Ende entgegen. Durch eine Preiserhöhung und sehr viel mehr Konkurrenz auf dem Markt erlebten viele Titel schlechtere Verkaufszahlen, denen „Dr. Strange“ und der „Silver Surfer“ – dessen Verlust traf Lee besonders hart – zum Opfer fielen. Nach fast einem Jahrzehnt war Marvel zu einem der ganz großen Spieler am Comic-Markt aufgestiegen, weswegen Martin Goodman den Verlag auch verkaufte, beim neuen Besitzer aber noch ein Wörtchen mitzureden hatte.
Wie sehr die Marvel-Comics in den 60er Jahren zum Erfolg geworden waren, zeigte auch, dass ab 1966 Fernsehsender Zeichentrickserien zu den verschiedenen Charakteren produzierten. Diese wurden zwar mit begrenzter Animation produziert, d.h. nur Teile der Figuren wurden animiert, gaben aber durchaus darüber Aufschluss, welch großes Potenzial in den Marvel-Helden steckte. Da ist es nur konsequent, dass die Zeichentrickabenteuer so mancher Helden auch heutzutage noch produziert werden.
Das Marvel-Zeitalter war eine aufregende Ära, wie man sie in der Welt der Comics niemals wieder sehen sollte. Ihr Ende fand diese Ära, als Jack Kirby 1970 Marvel verließ und zur Konkurrenz von DC wechselte. In den späteren Jahren gab es des öfteren Dispute, weil Kirby sich bei Marvel ungerecht behandelt fühlte. Immerhin hatte er als Zeichner einige der größten Helden aller Zeiten entwickelt und hatte auf Grund der Marvel-Methode auch einen nicht zu unterschätzenden Input auf diese Charaktere gehabt, aber nach wie vor hieß es in den Comics „Stan Lee präsentiert“. Bei DC hatte Kirby schließlich die Gelegenheit, als Redakteur, Autor und Zeichner seine eigenen Visionen zu verwirklichen. Nichtsdestotrotz bleibt die gemeinsame Arbeit von Lee und Kirby, die mehrere hundert Hefte zusammen produziert haben, in diesem Geschäft beispiellos.
Die 60er Jahre waren für Marvel und seine Fans eine aufregende Zeit, die in kreativer Hinsicht so elektrisierend wie vielleicht niemals zuvor oder jemals danach gewesen war. Nach zehn Jahren mit den Superhelden war es Zeit, in ein neues Jahrzehnt aufzubrechen. Ein Jahrzehnt, das das Ende des Silbernen Zeitalters der Comics erleben sollte …
