Die 60er Jahre waren für Marvel eine große Zeit. Die neuartigen Geschichten um die Superhelden revolutionierten ein ganzes Genre, wobei Marvel innerhalb eines Jahrzehnts Charaktere von absoluter Zeitlosigkeit schuf, die auch heute noch ihre Serien und zahlreiche Fans haben.
Mit den zahlreichen Helden, die mittlerweile das Marvel-Universum bewohnten, konnte auch endlich Martin Goodmans Wunsch erfüllt werden. Als er Lee 1961 seine Fantastischen Vier entwickeln ließ, wollte der Herausgeber von Marvel eigentlich auf den Zug aufspringen, den die Konkurrenz von DC mit „Justice League of America“ ins Rollen gebracht hatte. Da man aber natürlich keine altgedienten Haudegen hatte, um daraus eine Superheldengruppe zu gestalten, musste man neue Charaktere erfinden. Nur zwei Jahre später hatte sich die Situation geändert. Die Zeit war reif für „The Avengers“.
Im September 1963 hatte dieses Team, das aus Thor, Iron Man, dem Hulk, Ant-Man und der Wespe bestand, seinen ersten Auftritt, wobei einmal mehr Stan Lee und Jack Kirby aktiv geworden waren. Kirby musste die Serie jedoch schon nach acht Ausgaben abgeben, da er bereits mit den zahlreichen anderen Serien mehr als genug zu tun hatte. Für Kirby bot sich aber noch die Gelegenheit, mit dem von ihm und Joe Simon geschaffenen Captain America zu arbeiten. Stan Lee hatte die Idee, den beliebten Helden wiederzubeleben und erzählte deshalb in der vierten Ausgabe der Serie wie das Team den im Eis eingefrorenen Captain America findet. Captain America erwies sich auch als einer der beliebtesten Charaktere der Rächer und stieg bald zu ihrem Anführer auf.
Während Kirby ging und dafür Don Heck kam, der bereits „Iron Man“ gezeichnet hatte, gab es auch interne Veränderungen bei den Rächern. Lee, der langsam den Überblick über sein eigenes Comic-Universum verlor, sah zu, dass er Charaktere wie Thor, die eigene Serien hatten, aus den Rächern herausbrachte, damit er sich nicht durch gleichzeitig laufende Abenteuer widersprechen konnte. Das neue Team brachte einige Charaktere ein, die als Schurken bereits aus „Iron Man“ und „X-Men“ bekannt waren. Nun versuchten sie es auf der Heldenseite, wobei Hawkeye, ein meisterhafter Bogenschütze, schnell zu einem Liebling der Fans wurde.
Gleichzeitig mit „The Avengers“ gaben die „X-Men“ ihr Debüt im September 1963. Wieder einmal saßen Stan Lee und Jack Kirby am Steuer, aber da beide schon so viele andere Titel zu bewältigen hatten, kamen auch hier bald andere Autoren und Zeichner zum Zug. Ursprünglich wollte Lee den neuen Titel „The Mutants“ nennen, doch Martin Goodman war dagegen, da er befürchtete, junge Leser könnten nicht verstehen, was der Titel eigentlich bedeuten soll.
Obwohl gerade für ein jugendliches Publikum ideal, wurden die „X-Men“ nicht zum Erfolg. Die Serie verkaufte sich, tat dies aber nicht so gut wie einige andere Marvel-Titel. Über die gesamte Laufzeit der Serie waren die Abenteuer von Professor X und seinen begabten Schülern, allesamt Mutanten, nicht gerade sehr beliebt. Bis 1970 lief die Serie, die unter Roy Thomas und Neal Adams, der mit dem Seitenlayout äußerst erfolgreich experimentierte, konnte aber keine Leserschaft finden, die groß genug war, um die Kosten eines neuen Heftes zu rechtfertigen. In geradezu weiser Voraussicht wurde die Serie jedoch nicht eingestellt, sondern mit Reprints alter Hefte fortgeführt.
Lee begann 1963 auch damit, die Geschichten nicht mehr nach einem Heft abzuschließen. Zuvor hatte es in den Marvel-Serien schon ein Soap-Element gegeben, das die Leser noch stärker an die Hefte band, aber nun brachte Lee mehrteilige Abenteuer, die bestens aufgenommen wurden. Mit ein Grund für die neue Erzählstruktur war, dass Lee so viele Geschichten ersinnen musste, dass es ihm leichter fiel, Mehrteiler fortzusetzen, als Heft für Heft eine abgeschlossene Story zu bringen. Damit stellte sich Marvel einmal mehr als Vorreiter dar und etablierte nicht nur das Soap-Gefühl in den Comics, sondern auch die Cliffhanger, die im Lauf der Zeit zur Regel und nicht mehr zur Ausnahme werden sollten.
